根据《职业病防治法》和《工伤保险条例》，劳动者在被确诊为职业病后，用人单位应承担相应的医疗费用、工伤保险待遇和经济补偿。公司未配合员工进行职业病诊断，且未支付相关费用，违反了法律规定。员工提供了职业病诊断书、工作场所有害物质接触记录等证据，其诉求合法合理。

公司需支付员工的医疗费用、工伤保险待遇，并根据员工的损失情况支付适当的经济补偿。