首先，我们要明确的是，不具备合法经营资格的用人单位在法律上是不具备用工主体资格的。这意味着，该用人单位与受雇人员之间签订的劳动合同，从法律角度来看，可能存在一定的瑕疵。然而，这并不意味着双方之间的劳动关系就不存在。

在实际操作中，我们可以参考《劳动合同法》的相关规定。虽然用人单位未取得合法经营资格，但双方已经签订了劳动合同，且员工已经实际为用人单位提供了劳动服务。在这种情况下，我们可以认定双方之间存在事实劳动关系。

同时，我们还需要注意到，由于用人单位不具备合法经营资格，可能导致员工的合法权益受到侵害。例如，工资无法按时发放、社保无法缴纳等问题。在这种情况下，员工有权向劳动监察部门投诉，要求用人单位承担相应的法律责任。