根据《工伤保险条例》第十九条第二款的规定，如果职工或其近亲属认为是工伤，而用人单位不认为是工伤的情况下，应由用人单位承担举证责任。此外，用人单位是职业病防治的责任主体，并对本单位产生的职业病危害承担责任。

因此，如果员工在就职多个单位时被查出患有职业病，责任应由涉及的用人单位承担。