单位自行约定不定时工作制的法律效力是，该约定本身可能有效，但必须经过人力资源社会保障部门的审批。用人单位不能仅凭与劳动者之间的约定就实行不定时工作制，而应当及时报人力资源社会保障部门批准后方可实行。

此外，对于实行不定时工作制的劳动者，也应当根据有关规定，采用集中工作、集中休息、轮休调休、弹性工作时间等方式，确保劳动者的休息休假权利。因此，未经审批的不定时工作制不受法律保护。